※本記事はDeNAベイスターズの外国人選手が来日できていない件について独自に調査し、あらゆるパターンを想定しております。ネガティヴキャンペーンは基本好まない主義なので、あくまでも参考程度でお願いします。
ポジティブなことしか考えたくないという方は本記事については読み飛ばしを推奨します。
信じるか信じないかはあなた次第です。(今回の調査には相当な時間は掛けたつもりです)

結論から申し上げますと、今回の件はDeNAフロント陣営にとっては良くない結果が出てしまったと考えます。

本日、2021年3月8日において以下の様な記事が発出されました。

記事の通り、日本では2021年3月8日時点において、緊急事態宣言に伴い新規入国のための査証（ビザ）の申請が2020年12月28日より一時停止となっております。

外務省から以下の声明が発表されております。(リンク先:外務省)
https://www.mofa.go.jp/mofaj/ca/fna/page22_003381.html

即ち、これは新外国人選手(F.ロメロ、K.シャッケルフォードら)は現時点で、来日出来ない事を意味しております。他球団の新外国人選手も同様です。
(因みに広島カープの新外国人のクロン選手は契約直後である2020年11月16日？あたりに即座に申請したのではないかと考えられます。)

また、2021年1月13日より、日本政府は緊急事態解除宣言が発せられるまでの間、全ての対象国・地域との外国人の新規入国を認めず、ビジネストラックによる日本人及び在留資格保持者について、帰国・再入国時の14日間待機の緩和措置を認めないこととしました。

即ち、他球団で来日している外国人選手はこの14日間の待機期間を経て合流となっております。今後、DeNAベイスターズの外国人選手が来日する場合においても同様です。

この間の待機期間の防疫措置としての行動制限は以下となります。
・出国前72時間以内の新型コロナウイルス検査証明の取得
・入国時の検疫での抗原定量検査
・14日間の自宅等待機・公共交通機関不使用要請等あり

↓ソースは以下となります。(リンク先:出入国在留管理庁)
http://www.moj.go.jp/isa/hisho06_00099.html

さらに、続いて三原代表が来日できない経緯について説明した記事が発出されました。

上記の記事において、三原代表は以下の説明をしたとの事です。
「入国するための手続きは大きく分けて２つある」
「（ＤｅＮＡの外国人選手は）ビザを申請して取得して入国しようとしたが、１２月末にビザ取得が凍結された。（他球団の外国人選手は）入国した後にビザを申請するやり方で入国したと思う」
「再入国だと入国に期限があるが、ビザを取得してからであればいつでも入国出来る」

こちらの発言について主に考察していきます。
結論から申し上げますと、まず入国の方法自体は三原代表の説明の通り上記のやり方は可能です。
ただ、他にも方法があります。それは「在留期間更新許可申請」です。
参考までに以下のリンクを載せておきます。(リンク先:出入国在留管理庁)
http://www.moj.go.jp/isa/applications/procedures/16-3.html

ここからは他球団の外国人選手が来日に至るまでの個人的な想像パターンです。注）参考程度でお願いします

・在留資格期間が1年より長いケース
⇨名目上「興行ビザ」の在留資格期間は、最大で3年(複数年契約だと5年という噂もあり)と言われています。在留資格が残っている場合は、更新許可申請は必要ありません。よって、来日後隔離期間の14日を経ればスムーズにチームへの合流が可能となります。

・更新許可申請を帰国前に行っていたケース
⇨通常、3ヶ月ほど前から申請する必要があります。即ち、本ケースの場合昨年の12月初旬頃に申請していたと思われます。

・来日後、「就労が認められていない在留資格(短期滞在)」から「興行ビザ」を取得するケース(ここで言う三原代表の見解)
⇨ 原則として、在留資格「短期滞在」から「日本人の配偶者等」への在留資格変更許可申請はできないとあります。即ち、こちらは「グレー」ルートという事になります。

調査にあたり、以下のサイトを参考に考察しております。
https://visa-consulting.tokyo/typesofvisa/
(在留資格についての概要)

http://www.moj.go.jp/isa/applications/procedures/16-3.html
(更新許可申請についての概要)

http://www.visa-amitie-gyosei.com/14549236949688
(短期滞在からの変更ケースの解答例のソース元)

最後に再入国に関する制限についてです。
正直言うと、個人的にここが一番分からないです。
再入国許可の有効期間は在留期限を超えない範囲で最長「5年」となっております。
即ち、在留資格については球団側が1年しか申請していない可能性が浮上しました。
(噂レベルで1年しか申請しないというのは球団の方針と言う話があります。ソース記事を未だに見つけられていませんが、今回の三原球団代表の発言を聞くにその可能性は大いにあり得ると考えております。見つけ次第すぐに上げます。)

追記) 確かに、再入国についてCOVID-19による制限を受ける可能性は考えられました。そこを危惧していたとすれば、完全に今回は裏目に出たと言うことになります。

これより以下は補足です。
・ビザとは？
・再入国とは？
・みなし再入国許可とは？

↓ビザについての基礎知識です。知っている方は読み飛ばして下さい。
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まず、大前提として野球選手に留まらず、外国人が日本で働く為にはビザが主に必要となります。

ビザは複数存在しますが、野球選手の場合は興行ビザが一般的です。(例として、よく耳にするワードに就労ビザがあります。)

その興行ビザの申請にあたり、以下の流れの手続きをする必要があります。
・在留資格認定証明書の申請
　　　　　　↓
・査証(ビザ)の発行
　　　　　　↓
・ビザを貼り付けたパスポートを持って来日

上記は簡易な手順です。実際は、本人ではなくても申請は可能です。
以下に更なる詳細が記載されております。(リンク先:東京ビザ申請サポート)
https://tokyo-visa.com/guide_kogyo-visa/

これら全ての手続きにはおよそ2ヵ月は掛かります。また、ビザが発給されたら、在留資格認定証明書の有効期限が3か月のためその間に入国する必要があります。(言うまでもなく、有効期限が過ぎてしまうと入国拒否となります)
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また、再入国については以下となります。
↓こちらも知っている方は読み飛ばして下さい。
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------興行ビザは通常入出国１回に限り有効となります。一旦入国した後、一度出国して同じビザで再入国する場合、３カ月以下の在留期間しか認められていない方は、「再入国許可」を別途取る必要があります。６ヶ月以上の在留期間を認められた方は「みなし再入国許可制度」があり、許可を取らずに戻ってくることができます。
「再入国許可」の手続きは、外国人が最初に日本にきている間の平日日中にパスポートと印紙（1度だけの出入国の場合3000円、複数回の場合6000円）を持って、出入国在留管理局に行く必要があります。この申請は本人もしくは取次行政書士等しかできず、招聘した会社のスタッフが代わりに行うことはできません。
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再入国許可の有効期間についてのソースです。
https://www.ph.emb-japan.go.jp/files/000308395.pdf

みなし再入国許可については以下のリンクに詳細が記載されております。(リンク先:出入国在留管理庁)
http://www.moj.go.jp/isa/applications/guide/minashisainyukoku.html

みなし再入国許可についての有効期間については以下の通りです。
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みなし再入国許可の有効期間は，出国の日から１年間となります。ただし、在留期限が出国の日から１年を経過する前に到来する場合には，在留期限までとなります。
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以上です。
実は「在留資格期間」と「手続きにあたっての雇用主との契約」、「外国人選手が日本に来日する時期」など言わなければならない事がまだあるのですが、別記事とさせて頂きます。

PS.
後日、最終クールの振り返りもやります。今回はこの件にリソースを完全に持っていかれてしまいました。